戦闘が始まると左の画面のようにカードが5枚出ます．そのうち1枚を選ぶことで戦闘前にコンディションが変わります．効果はいろいろで，HP/MP回復だったり，ストレスがたまったりと，いいことばかりではありません．また，変化が現れる人物もまちまちで，全員が対象だったりある1人だけが対象だったりします．これは戦闘の最初に一度だけ現れるもので，毎ターンあるわけではありません．カードは全部で31種類（＝タロットの大アルカナ22枚+エジプト9栄神）．
そして，右が戦闘の主画面です．選べるコマンドは「攻撃」「話す」「アイテム」「調べる」です．
「攻撃」はスタンドを使っての攻撃です．HPにダメージを与えます．行動力が低いとコマンドが表示されるまでにターン数が多くかかります．「アイテム」は説明の必要がないでしょう．
「話す」は話すと言うよりも罵声を浴びせる／脅す／見栄を切ると表現したほうがいいのですが，これを行うとMPにダメージを与えることができます．しかし，無視されてダメージを与えられないこともあります．「話す」は味方にも使えます．その場合はMP回復になります．このときの台詞がけっこう笑えます．MPが満タンだった場合は「気合いを入れた」と表示されるんですが，何か効果があるんでしょうか？
おもしろいのが「調べる」です．成功すると作戦を思いつき，次ターンにはコマンドに「作戦」が加わります．「作戦」には「ヒラメキ」「ガッツ」「逃げる」があって，どれかを選びます（戦闘によっては「逃げる」が表示されないことがあります）．例えば，承太郎が保健室で女医に襲われた時にこれを使って「ヒラメキ」を選ぶと承太郎はスタンドを引きずり出すという行動をとりました．使い所が決まっているコマンドなのかもしれません．「ガッツ」のほうを選ぶと一時的に攻撃力がアップします．作戦を思いつくまでの時間は判断力に依存します．
ジョジョRPGのパターンとして「何か作戦を思いついてヒラメイた行動を取るまで敵にダメージを与えにくい」というのがあります．だから，けっこう「調べる」は重要なコマンドです．ひらめくべき人は原作を知っていれば簡単に分かる…かな．他の人でもヒラメキますけどね．
MPやストレス・バイオリズムには注意を払った方がいいです．特にMPを減らされた場合はすぐに回復した方がいいです．なぜなら攻撃力に直結しているからです．話し掛ければ速攻で治るのでちゃんと治しましょう．協調性の多い花京院が適任ですが，自分で気合入れるのも有効．
HPが0になったら行動不能になるのはもちろんのこと，MPが0になっても動けなくなります．戦闘不能のまま戦闘が終了した場合，そのキャラクターはバイオリズムに比例して自動的に回復します．
経験値は運命的バイオリズムにより各人に違う値が入ります．レベルアップ時に成長するのはMAXHP，MAXMP，攻撃力，防御力の4つだけです．他の値はイベント達成で上がります．